RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 TARM1B6A8C7 271 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 BTN3A1O00481 513 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 HTRA2O43464 458 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 LINGO3P0C6S8 592 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 T-ENOLP0DO92 83 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 HNF4AP41235 474 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RABIFP47224 123 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ATP4BP51164 291 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 DGCR6Q14129 220 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ADGRE1Q14246 886 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 HNRNPA1L2Q32P51 320 aaKnown RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 C11orf91Q3C1V1 193 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ACSBG2Q5FVE4 666 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 C17orf64Q86WR6 236 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CAMKK1Q8N5S9 505 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CPSF7Q8N684 471 aaKnown RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 PTGR2Q8N8N7 351 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TXNDC5Q8NBS9 432 aaKnown RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 OR6C4Q8NGE1 309 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 OR2T34Q8NGX1 318 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CYB5D2Q8WUJ1 264 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 WDR92Q96MX6 357 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 BIRC8Q96P09 236 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GDF15Q99988 308 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 WRAP53Q9BUR4 548 aaKnown RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 LRRC3Q9BY71 257 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ITM2CQ9NQX7 267 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SMPD3Q9NY59 655 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CDC14AQ9UNH5 594 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SNX7Q9UNH6 387 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GMPPBQ9Y5P6 360 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 NUMBLQ9Y6R0 609 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MGAT4DA6NG13 374 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 HOXC11O43248 304 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 VEGFDO43915 354 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 FZD6O60353 706 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 DNAJA2O60884 412 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RNGTTO60942 597 aaKnown RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 UGT2B11O75310 529 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TSPAN19P0C672 248 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CBSLP0DN79 551 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 EPB42P16452 691 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 LBPP18428 481 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CBSP35520 551 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CAPGP40121 348 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RGRP47804 291 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CDC42P60953 191 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ARHGAP8P85298 464 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 IRF8Q02556 426 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ZNF460Q14592 562 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 HLA-DQA1Q5Y7H0 255 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ADGRG6Q86SQ4 1221 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 BPIFB6Q8NFQ5 453 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RIBC2Q9H4K1 309 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ADPRHL2Q9NX46 363 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 IL17CQ9P0M4 197 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ACSL5Q9ULC5 683 aa7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RBMX2Q9Y388 322 aaKnown RBP7.46□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 EIF3FO00303 357 aaPredicted RBP7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 BUD23O43709 281 aaKnown RBP7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 PRMT3O60678 531 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MTRF1O75570 445 aaKnown RBP7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 SEMA4FO95754 770 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 PSMD4P55036 377 aaKnown RBP7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CDKN2DP55273 166 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 FBXW4P57775 412 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 KLF10Q13118 480 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ATXN7L2Q5T6C5 722 aaPredicted RBP7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 INTS11Q5TA45 600 aaKnown RBP7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RASSF6Q6ZTQ3 369 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 AIF1LQ9BQI0 150 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 DPEP2Q9H4A9 486 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ARMC7Q9H6L4 198 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 CYP4F12Q9HCS2 524 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MARK1Q9P0L2 795 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MAGEL2Q9UJ55 1249 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RPS6KA6Q9UK32 745 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TRAF6Q9Y4K3 522 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 LOC100506127A0A0U1RQW1 187 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 FAM240BA0A1B0GVZ2 78 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 IRGMA1A4Y4 181 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 FAM172BPA6NC97 362 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 OR51F1A6NGY5 319 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GPR89AB7ZAQ6 455 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 IFNA7P01567 189 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GPR89BP0CG08 455 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 PBX2P40425 430 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MAPK10P53779 464 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 LRRC74AQ0VAA2 488 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 DDX39BQ13838 428 aaKnown RBP7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 NADK2Q4G0N4 442 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ATP13A5Q4VNC0 1218 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 FAAH2Q6GMR7 532 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 TYW3Q6IPR3 259 aaKnown RBP7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 GPR153Q6NV75 609 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 METTL2BQ6P1Q9 378 aaKnown RBP7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 P2RY8Q86VZ1 359 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 RNF148Q8N7C7 305 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 ZNF540Q8NDQ6 660 aa7.45□□□□□ -1.22
USP54-210ENST00000466048 MDGA1Q8NFP4 955 aa7.45□□□□□ -1.22
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 42.2 ms