Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.9 ms