Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CCDC9Q9Y3X0 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CCDC9Q9Y3X0 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.1 ms