Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

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Length 1,684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP54Q70EL1 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP54Q70EL1 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
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