Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
TRIM28Q13263 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
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