Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC023141.11-201ENST00000508864 202 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 AC034238.1-213ENST00000611148 150 ntTSL 5 BASIC2.85□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 MIR6715A-201ENST00000615929 79 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 MIR8054-201ENST00000620877 86 ntBASIC2.85□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 HMHB1-202ENST00000638299 126 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC2.85□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 ZNF117-204ENST00000620222 5317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.84□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 PCDH11Y-201ENST00000215473 4595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.84□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 DENND4A-202ENST00000443035 8665 ntTSL 1 (best) BASIC2.84□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 Y_RNA.99-201ENST00000363138 105 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 GHRL-208ENST00000439975 326 ntTSL 1 (best) BASIC2.84□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 RNU6-958P-201ENST00000516995 106 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 MIR3152-201ENST00000579801 74 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 MIR4712-201ENST00000583750 82 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 Hammerhead_HH9.1-201ENST00000616606 77 ntBASIC2.84□□□□□ -1.95
TRIM28Q13263 KCNIP4-IT1-201ENST00000627566 9848 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNA5SP493-201ENST00000364115 91 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 SNORA31.10-201ENST00000516482 106 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AC021785.1-201ENST00000520780 453 ntTSL 3 BASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR6717-201ENST00000622747 73 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AC027279.3-201ENST00000625055 122 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 FO624990.1-201ENST00000636373 85 ntBASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 CHD9-202ENST00000398510 11337 ntTSL 1 (best) BASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 DYNC2H1-202ENST00000375735 13678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 NEBL-202ENST00000377122 9216 ntTSL 1 (best) BASIC2.83□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 SNORA25B-201ENST00000365507 128 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU6-424P-201ENST00000384367 105 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU6-160P-201ENST00000384591 107 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR221-201ENST00000385135 110 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU6-613P-201ENST00000410412 108 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNA5SP200-201ENST00000516360 103 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU6-826P-201ENST00000516827 104 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AC022513.1-201ENST00000624512 117 ntBASIC2.82□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 SLC4A7-201ENST00000295736 7757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC2.82□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 NEB-203ENST00000397345 26202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 NEB-209ENST00000427231 26202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 NEDD1-204ENST00000457368 3162 ntTSL 2 BASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU1-91P-201ENST00000364746 163 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU7-2P-201ENST00000516096 62 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AC022784.2-201ENST00000521298 328 ntTSL 2 BASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR3169-201ENST00000578032 83 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR4791-201ENST00000607666 84 ntBASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AC068631.1-220ENST00000630726 256 ntTSL 5 BASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MAP4K3-205ENST00000437545 3924 ntTSL 5 BASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 WDR3-201ENST00000349139 9974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 CEP44-203ENST00000426172 3037 ntTSL 5 BASIC2.81□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 SNORD114-1-201ENST00000362705 72 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU6-913P-201ENST00000390913 95 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU6-220P-201ENST00000390919 107 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 U8.16-201ENST00000391279 133 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU7-67P-201ENST00000459003 62 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AC020891.4-201ENST00000605745 93 ntBASIC2.8□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 KNL1-204ENST00000527044 5404 ntTSL 5 BASIC2.8□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU6-1244P-201ENST00000363614 108 ntBASIC2.79□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 SNORD38.1-201ENST00000363863 68 ntBASIC2.79□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 Y_RNA.370-201ENST00000365589 108 ntBASIC2.79□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR34C-201ENST00000384831 77 ntBASIC2.79□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AL445685.2-201ENST00000422551 342 ntBASIC2.79□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR219B-201ENST00000637023 88 ntBASIC2.79□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 EYS-211ENST00000503581 10589 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC2.79□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 GABRA2-209ENST00000510861 3411 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.79□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR6073-201ENST00000352083 89 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU6-457P-201ENST00000363999 107 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 SNORA64-201ENST00000384674 134 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR206-201ENST00000384872 86 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR504-201ENST00000385065 83 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 MIR516B2-201ENST00000385190 85 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RPL31P63-201ENST00000422565 375 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AC003685.2-201ENST00000422795 395 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 RNU1-98P-201ENST00000458992 160 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AC090255.1-201ENST00000495779 349 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 SCARNA16.3-201ENST00000516595 184 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AL161716.1-201ENST00000606365 273 ntTSL 5 BASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AC145423.2-201ENST00000610631 239 ntBASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 AGL-204ENST00000370161 6923 ntTSL 5 BASIC2.78□□□□□ -1.96
TRIM28Q13263 LIG4-203ENST00000442234 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 RNU6-833P-201ENST00000363486 107 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 SNORA24-201ENST00000384096 131 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 RNU6-342P-201ENST00000384521 104 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 AL161932.1-201ENST00000437408 146 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 HSPE1P9-201ENST00000440046 311 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 RPS29P29-201ENST00000456396 171 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 AC093729.1-201ENST00000513074 128 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 DNAJC19P9-201ENST00000555084 351 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 AL020996.3-201ENST00000606617 222 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 MIR6873-201ENST00000622788 63 ntBASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 OXR1-209ENST00000517566 4501 ntTSL 1 (best) BASIC2.77□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 AC131280.1-202ENST00000624067 4211 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 Y_RNA.567-201ENST00000384736 106 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 SNORD28B-201ENST00000390993 75 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 SNORA48.3-201ENST00000391081 134 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 RNA5SP168-201ENST00000516642 112 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 RNU7-53P-201ENST00000516705 60 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 AC140658.3-201ENST00000567603 271 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 SNORA28-201ENST00000606769 126 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 ZNF355P-201ENST00000427301 3216 ntBASIC2.76□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 SNORA1.2-201ENST00000365189 134 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 RNU1-138P-201ENST00000384093 164 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 HMGN1P33-201ENST00000432945 451 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 MIR4446-201ENST00000578505 67 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
TRIM28Q13263 MIR548AR-201ENST00000582191 57 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
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