Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 STAG3L5P-204ENST00000443759 179 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNU6-970P-201ENST00000516312 107 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNU6-109P-201ENST00000516364 107 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNU6-184P-201ENST00000516514 107 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC022523.2-201ENST00000561045 150 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR4513-201ENST00000581077 86 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR4305-201ENST00000583252 102 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 HNRNPDLP4-201ENST00000605144 301 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR8054-201ENST00000620877 86 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 KTN1-203ENST00000395309 4021 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.26□□□□□ -1.89
USP4Q13107 CYLC2-201ENST00000374798 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AL161431.1-201ENST00000618966 4205 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 CACNB4-222ENST00000636350 7654 ntTSL 5 BASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 CLOCK-201ENST00000309964 10304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 HIF1A-212ENST00000557538 3468 ntTSL 1 (best) BASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNU6-163P-201ENST00000384396 106 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 Y_RNA.500-201ENST00000384466 111 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 SNX2P2-201ENST00000424553 323 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RN7SL499P-201ENST00000481141 276 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC084364.2-201ENST00000546924 395 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC091932.4-201ENST00000623386 200 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC022513.1-201ENST00000624512 117 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR622-201ENST00000638396 96 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AL035425.3-201ENST00000564206 4996 ntBASIC3.25□□□□□ -1.89
USP4Q13107 Y_RNA.454-201ENST00000384224 113 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNU6-49P-201ENST00000384256 107 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 SNORD38C-201ENST00000384381 69 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RN7SKP43-201ENST00000516173 320 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC007598.1-202ENST00000561528 435 ntTSL 3 BASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC026271.5-201ENST00000577873 130 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC022202.1-201ENST00000613515 211 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 SPTSSB-205ENST00000620149 231 ntAPPRIS P1 BASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR6852-201ENST00000621699 66 ntBASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 CUL3-204ENST00000409777 3147 ntTSL 1 (best) BASIC3.24□□□□□ -1.89
USP4Q13107 DNAH12-208ENST00000495027 12146 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 TFEC-202ENST00000320239 6605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR548D2-201ENST00000384955 97 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AL627390.1-201ENST00000396055 340 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 SNORA19.1-201ENST00000410656 129 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNA5SP217-201ENST00000515959 91 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNU2-35P-201ENST00000516446 142 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 LINC02386-203ENST00000552182 501 ntTSL 3 BASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AL033523.1-201ENST00000605153 153 ntBASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 DOPEY1-203ENST00000369739 7743 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 CPD-202ENST00000543464 4007 ntTSL 2 BASIC3.23□□□□□ -1.89
USP4Q13107 NBEAL1-203ENST00000449802 10938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.22□□□□□ -1.89
USP4Q13107 SNORA80A-201ENST00000363922 136 ntBASIC3.22□□□□□ -1.89
USP4Q13107 RNU4-16P-201ENST00000364737 141 ntBASIC3.22□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR627-201ENST00000384979 97 ntBASIC3.22□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MIR3163-201ENST00000581592 73 ntBASIC3.22□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC007218.2-201ENST00000636913 179 ntTSL 5 BASIC3.22□□□□□ -1.89
USP4Q13107 PRKACB-217ENST00000610457 4206 ntTSL 2 BASIC3.22□□□□□ -1.89
USP4Q13107 MUM1L1-203ENST00000372552 3957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.21□□□□□ -1.89
USP4Q13107 AC025539.1-201ENST00000515343 4019 ntTSL 2 BASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 CHST9-202ENST00000581714 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 FAM184A-202ENST00000352896 3700 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 Y_RNA.510-201ENST00000384511 114 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 HIST1H2APS3-201ENST00000403259 134 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RN7SKP220-201ENST00000410611 288 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RN7SL75P-201ENST00000461926 281 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 CFLAR-AS1-202ENST00000474886 223 ntTSL 3 BASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RNU7-6P-201ENST00000516845 62 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC141557.1-201ENST00000540982 400 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC024270.4-201ENST00000570202 421 ntTSL 3 BASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR3683-201ENST00000580847 82 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORA28-201ENST00000606769 126 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR7106-201ENST00000612419 65 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 NPPA-AS1_3.1-201ENST00000617059 108 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AL449363.1-201ENST00000617815 186 ntBASIC3.21□□□□□ -1.9
USP4Q13107 TRDN-201ENST00000334268 4770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 CHD9-218ENST00000566029 13110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 OXR1-215ENST00000531443 3599 ntTSL 5 BASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 Y_RNA.241-201ENST00000364470 117 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORA71.1-201ENST00000364523 117 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORA27-201ENST00000384323 126 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORD15B-201ENST00000384714 146 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORD67-201ENST00000390833 111 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AL354733.1-201ENST00000458016 476 ntTSL 3 BASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 UBE2DNL-203ENST00000474922 222 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORA31.10-201ENST00000516482 106 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC005786.1-201ENST00000588553 154 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC078899.2-201ENST00000595282 212 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR6733-201ENST00000635723 61 ntBASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 IDE-201ENST00000265986 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 KTN1-207ENST00000438792 4449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 EYS-204ENST00000370621 10485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.2□□□□□ -1.9
USP4Q13107 HDX-201ENST00000297977 6200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC009487.2-201ENST00000420969 6821 ntBASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIRLET7C-201ENST00000362160 84 ntBASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RNU1-58P-201ENST00000362413 163 ntBASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 SNORA25.6-201ENST00000364121 118 ntBASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 MIR488-201ENST00000365739 83 ntBASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RN7SKP200-201ENST00000410564 320 ntBASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 RPL32P35-201ENST00000415214 394 ntBASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AL353747.2-201ENST00000439207 205 ntTSL 3 BASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC104389.3-201ENST00000445629 235 ntBASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC005703.2-201ENST00000453339 343 ntTSL 2 BASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 ITCH-AS1-201ENST00000454205 299 ntTSL 5 BASIC3.19□□□□□ -1.9
USP4Q13107 EFR3A-202ENST00000519656 5247 ntTSL 1 (best) BASIC3.18□□□□□ -1.9
USP4Q13107 AC073325.2-201ENST00000339545 159 ntBASIC3.18□□□□□ -1.9
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