Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms