Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

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Length 1,684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
USP54Q70EL1 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
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