Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MIR548O-201ENST00000408583 114 ntBASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC003685.2-201ENST00000422795 395 ntBASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU7-94P-201ENST00000459576 63 ntBASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AL163195.1-201ENST00000496941 348 ntBASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC110009.1-201ENST00000512965 451 ntTSL 5 BASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 ROS1-202ENST00000368508 7435 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 FIGNL1-212ENST00000613602 3187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 DCUN1D1-201ENST00000292782 7954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.45□□□□□ -1.86
USP4Q13107 Y_RNA.99-201ENST00000363138 105 ntBASIC3.44□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SNORA2.2-201ENST00000365473 135 ntBASIC3.44□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU6-1072P-201ENST00000384703 107 ntBASIC3.44□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU6-443P-201ENST00000384780 107 ntBASIC3.44□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SNORA70.19-201ENST00000516717 90 ntBASIC3.44□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC009831.4-201ENST00000620744 325 ntBASIC3.44□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AL021368.2-201ENST00000606125 5352 ntBASIC3.44□□□□□ -1.86
USP4Q13107 NR3C1-212ENST00000504572 3389 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 ZFYVE16-202ENST00000505560 6599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 PTPN22-206ENST00000525799 2118 ntTSL 1 (best) BASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU6-1189P-201ENST00000383958 107 ntBASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 Y_RNA.410-201ENST00000383992 113 ntBASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 TRAJ31-201ENST00000390506 57 ntAPPRIS P1 BASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 LINC01203-202ENST00000456091 476 ntTSL 3 BASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU1-131P-201ENST00000458943 161 ntBASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 TRBV12-1-201ENST00000479785 344 ntBASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RPS26P48-201ENST00000491713 339 ntBASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RN7SL636P-201ENST00000497504 294 ntBASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SCARNA15.3-201ENST00000626315 122 ntBASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SCARNA4.1-201ENST00000628597 123 ntBASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RTL4-201ENST00000340433 2613 ntAPPRIS P1 BASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 MARCH7-202ENST00000409175 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 ABCG2-204ENST00000515655 4276 ntTSL 1 (best) BASIC3.43□□□□□ -1.86
USP4Q13107 GNAI3-201ENST00000369851 27174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 PHF6-201ENST00000332070 4759 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SNORA63.5-201ENST00000363548 123 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SNORD14E-201ENST00000364009 85 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU6-442P-201ENST00000383968 104 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU6-756P-201ENST00000383997 107 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 MIR1302-5-201ENST00000408164 150 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SNORA11.2-201ENST00000408318 127 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU4-47P-201ENST00000410876 114 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU7-25P-201ENST00000516544 62 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC124657.1-201ENST00000527819 429 ntTSL 3 BASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC004486.1-201ENST00000546846 233 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC006441.5-201ENST00000612680 209 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 MIR133A1HG-202ENST00000581072 4226 ntTSL 1 (best) BASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 THEMIS-201ENST00000368248 3866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.42□□□□□ -1.86
USP4Q13107 ICE2P2-201ENST00000483823 2787 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 OSTN-202ENST00000445281 3134 ntTSL 5 BASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU1-70P-201ENST00000362618 164 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU6-862P-201ENST00000362804 105 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 Y_RNA.163-201ENST00000363702 113 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 SNORA51.5-201ENST00000384126 131 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 MIR515-2-201ENST00000384883 83 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 MIR515-1-201ENST00000384884 83 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RN7SKP123-201ENST00000410732 291 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AL365277.2-201ENST00000415255 551 ntTSL 3 BASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 HMGN2P32-201ENST00000444648 269 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC021205.2-201ENST00000480069 347 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC008948.1-201ENST00000506058 325 ntTSL 2 BASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 AC024995.1-201ENST00000523014 93 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 MIR4506-201ENST00000584693 77 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 OR51L1-203ENST00000641819 7300 ntAPPRIS P1 BASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 CACNB4-228ENST00000636598 7808 ntTSL 5 BASIC3.41□□□□□ -1.86
USP4Q13107 RNU6-766P-201ENST00000362478 107 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SNORD115-28-201ENST00000363931 81 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 Y_RNA.198-201ENST00000364013 98 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU6-690P-201ENST00000365242 106 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SPRR2E-201ENST00000368750 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU6-1014P-201ENST00000383940 103 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU6-160P-201ENST00000384591 107 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 MIR181B1-201ENST00000385240 110 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 TRAV41-201ENST00000390468 336 ntAPPRIS P1 BASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 MIR1262-201ENST00000408276 93 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 CST2P1-201ENST00000425770 87 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 SNORA59A-201ENST00000459326 152 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RPL23AP67-201ENST00000465341 474 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC008115.2-201ENST00000539988 241 ntTSL 3 BASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 LINC01900-203ENST00000585185 393 ntTSL 3 BASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RASSF8-210ENST00000541490 5505 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 MGAT4C-210ENST00000620241 3194 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.4□□□□□ -1.87
USP4Q13107 DCLRE1A-202ENST00000369305 4241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC017071.1-201ENST00000564407 2204 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 PTBP2-211ENST00000609116 12014 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 CHD9-213ENST00000564845 11504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU6-268P-201ENST00000364174 107 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 snoU2-30.1-201ENST00000365012 70 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 Y_RNA.547-201ENST00000384654 119 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 TRDJ3-201ENST00000390476 59 ntAPPRIS P1 BASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC068580.2-201ENST00000449749 338 ntTSL 5 BASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AC091826.1-201ENST00000514065 313 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 RNU4ATAC3P-201ENST00000516699 126 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 MIR4762-201ENST00000585261 75 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 ADARB1-213ENST00000611195 159 ntTSL 5 BASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AL162274.2-201ENST00000614406 332 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AL035470.1-201ENST00000622571 220 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 Clostridiales-1.3-201ENST00000637703 147 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 WRN-201ENST00000298139 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 USP15-203ENST00000353364 14950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.39□□□□□ -1.87
USP4Q13107 DST-204ENST00000361203 22431 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.38□□□□□ -1.87
USP4Q13107 AL589743.1-201ENST00000551932 2712 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
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