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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SUMO2P16-201 | ENST00000519475 | 264 nt | BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC009930.1-201 | ENST00000522330 | 191 nt | TSL 5 BASIC | 1.29 | □□□□□ -2.2 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | FABP12-201 | ENST00000360464 | 551 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1.26 | □□□□□ -2.21 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNORA75.6-201 | ENST00000391318 | 127 nt | BASIC | 1.26 | □□□□□ -2.21 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNORD12B-201 | ENST00000410433 | 91 nt | BASIC | 1.26 | □□□□□ -2.21 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR6767-201 | ENST00000637302 | 66 nt | BASIC | 1.26 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MCMDC2-207 | ENST00000492775 | 1831 nt | TSL 1 (best) BASIC | 1.26 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | NPAT-201 | ENST00000278612 | 6117 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 1.26 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL391516.1-201 | ENST00000554380 | 2449 nt | BASIC | 1.26 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | Y_RNA.259-201 | ENST00000364619 | 101 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | Y_RNA.265-201 | ENST00000364677 | 108 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-890P-201 | ENST00000384121 | 107 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC018865.2-201 | ENST00000423631 | 129 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | STAG3L5P-204 | ENST00000443759 | 179 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC093852.1-201 | ENST00000503587 | 266 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-120P-201 | ENST00000516077 | 103 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RN7SKP179-201 | ENST00000516126 | 217 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNORA20.3-201 | ENST00000516880 | 132 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC144568.1-201 | ENST00000520139 | 137 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LUZP6-201 | ENST00000589735 | 177 nt | APPRIS P1 BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL162424.1-201 | ENST00000602325 | 221 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNORA28-201 | ENST00000606769 | 126 nt | BASIC | 1.25 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-1301P-201 | ENST00000362724 | 104 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | Y_RNA.267-201 | ENST00000364679 | 109 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | Y_RNA.384-201 | ENST00000383909 | 102 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-926P-201 | ENST00000384075 | 107 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-1310P-201 | ENST00000384153 | 107 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-1297P-201 | ENST00000384415 | 104 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNU6-1105P-201 | ENST00000384774 | 107 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR562-201 | ENST00000384894 | 95 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL355796.1-201 | ENST00000406706 | 323 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC138393.2-201 | ENST00000414742 | 246 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MTND4P28-201 | ENST00000426217 | 387 nt | BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LINC01870-201 | ENST00000427042 | 390 nt | TSL 3 BASIC | 1.24 | □□□□□ -2.21 | | |