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| BRD3 | Q15059 | BTLA-202 | ENST00000383680 | 726 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-1148P-201 | ENST00000410992 | 104 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | UBE2Q2P12-201 | ENST00000414573 | 204 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC078809.1-201 | ENST00000427601 | 140 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL133396.1-201 | ENST00000432048 | 687 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL353680.1-201 | ENST00000433788 | 337 nt | TSL 3 BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | ZEB1-AS1-204 | ENST00000450834 | 576 nt | TSL 3 BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AC068781.1-201 | ENST00000488231 | 618 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AC018889.1-201 | ENST00000605372 | 397 nt | BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | IDE-201 | ENST00000265986 | 5877 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | GPR22-201 | ENST00000304402 | 2942 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AC092268.1-201 | ENST00000342691 | 405 nt | BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AL355340.1-201 | ENST00000433085 | 344 nt | TSL 3 BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC091133.1-201 | ENST00000435491 | 483 nt | TSL 3 BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AC009238.1-201 | ENST00000442165 | 424 nt | BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AL162274.2-201 | ENST00000614406 | 332 nt | BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL138726.1-201 | ENST00000614873 | 333 nt | BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL136221.1-201 | ENST00000621449 | 509 nt | BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | CCDC178-213 | ENST00000583930 | 3094 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | MTND4P5-201 | ENST00000435821 | 1374 nt | BASIC | 2.99 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | MT-ND1-201 | ENST00000361390 | 956 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | MIR422A-201 | ENST00000362286 | 90 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-227P-201 | ENST00000362865 | 103 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORA71.1-201 | ENST00000364523 | 117 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | DEFA7P-201 | ENST00000382676 | 285 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORA54-201 | ENST00000384281 | 123 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | MIR561-201 | ENST00000385216 | 97 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORA26.3-201 | ENST00000391119 | 136 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | UBA52P6-201 | ENST00000399822 | 382 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | RN7SKP158-201 | ENST00000410453 | 326 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | AP002404.1-201 | ENST00000532005 | 451 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | MIR5194-201 | ENST00000582634 | 120 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | MIR3672-201 | ENST00000584290 | 82 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
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| BRD3 | Q15059 | BNIP3P22-201 | ENST00000593399 | 556 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL161756.2-201 | ENST00000604597 | 246 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC009033.1-201 | ENST00000624279 | 431 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL160394.1-201 | ENST00000624765 | 724 nt | BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | KTN1-203 | ENST00000395309 | 4021 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.98 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | SCN1A-219 | ENST00000641575 | 12874 nt | APPRIS ALT1 BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | MIR6073-201 | ENST00000352083 | 89 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.135-201 | ENST00000363439 | 95 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU6-944P-201 | ENST00000364023 | 107 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNU1-148P-201 | ENST00000384472 | 162 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | Y_RNA.504-201 | ENST00000384481 | 104 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | MIR491-201 | ENST00000384877 | 84 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | DEFB110-202 | ENST00000393660 | 189 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL590556.1-201 | ENST00000423231 | 483 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | USP9YP28-201 | ENST00000435142 | 589 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AL354949.1-201 | ENST00000446438 | 170 nt | TSL 2 BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | ITCH-AS1-201 | ENST00000454205 | 299 nt | TSL 5 BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC018868.1-201 | ENST00000491307 | 315 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | RNA5SP341-201 | ENST00000516261 | 117 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AP000889.2-201 | ENST00000532684 | 490 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC007375.1-201 | ENST00000554513 | 578 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC024270.4-201 | ENST00000570202 | 421 nt | TSL 3 BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | AC060766.3-201 | ENST00000591442 | 263 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | SNORD14A-201 | ENST00000606526 | 91 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | NPPA-AS1_3.1-201 | ENST00000617059 | 108 nt | BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |
| BRD3 | Q15059 | SEMG1-201 | ENST00000372781 | 1662 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.97 | □□□□□ -1.93 | | |