Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN4AP35499 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms