Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SDC1P18827 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SDC1P18827 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SDC1P18827 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SDC1P18827 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.3 ms