Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.95
COL6A1P12109 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
COL6A1P12109 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms