Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC109327.1-201ENST00000471666 403 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC012468.1-201ENST00000604888 430 ntBASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 LINC01247-201ENST00000448901 4209 ntTSL 1 (best) BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 LMBRD1-201ENST00000370570 2099 ntTSL 1 (best) BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ZGRF1-212ENST00000612287 2176 ntTSL 1 (best) BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 THOC2-202ENST00000355725 4930 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 CLCA3P-202ENST00000466454 3412 ntTSL 1 (best) BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 C1orf112-202ENST00000359326 4002 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.75□□□□□ -1.65
USP4Q13107 GAB1-203ENST00000505913 2477 ntTSL 2 BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 CD84-206ENST00000368054 8181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 LINC01847-201ENST00000522627 5607 ntTSL 1 (best) BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 KNTC1-204ENST00000436959 2412 ntTSL 2 BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 OR4M1-202ENST00000641200 3493 ntAPPRIS P1 BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU6-873P-201ENST00000363833 107 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL133412.1-201ENST00000380194 2992 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 Y_RNA.441-201ENST00000384123 112 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU6-1117P-201ENST00000384525 104 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC078851.1-201ENST00000415918 298 ntTSL 3 BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL136084.2-202ENST00000433997 353 ntTSL 2 BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RPL21P126-201ENST00000470049 478 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SNORA31.23-201ENST00000517219 133 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 HSPE1P5-201ENST00000561489 272 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AP005062.1-201ENST00000581502 607 ntTSL 3 BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC091979.2-201ENST00000607514 214 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL359198.2-201ENST00000611836 194 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC068831.7-201ENST00000616954 363 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 snoU18.1-201ENST00000629629 71 ntBASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 VPS13C-201ENST00000249837 13300 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SYCP1-210ENST00000618516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.74□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MFSD8-242ENST00000641690 4199 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SCN1A-220ENST00000641603 12506 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 KIF21A-201ENST00000361418 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL109809.4-201ENST00000603520 2185 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC092435.4-201ENST00000623012 4159 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MEI4-201ENST00000602452 4800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 DLEU2_6.3-201ENST00000340052 136 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU6-1280P-201ENST00000365211 107 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL513008.1-201ENST00000412701 161 ntTSL 5 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 BMS1P22-201ENST00000414726 313 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 NDUFB4P6-201ENST00000436819 366 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RPL23AP93-201ENST00000440847 484 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNA5SP54-201ENST00000516951 92 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 IGLVIV-65-201ENST00000517313 360 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC113192.5-201ENST00000528779 486 ntTSL 2 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC107958.3-201ENST00000553410 431 ntTSL 3 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC233702.2-202ENST00000562547 291 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL020997.2-201ENST00000602607 184 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MIR6716-201ENST00000613413 80 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MUCL1-205ENST00000619042 243 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 CCL14-203ENST00000620991 426 ntTSL 1 (best) BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 DLEU2_6.2-201ENST00000620994 136 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC005086.4-201ENST00000623065 213 ntBASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SMG1P1-206ENST00000431681 2913 ntTSL 2 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ARL15-202ENST00000504924 2486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ARL15-207ENST00000620747 2486 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ADNP-201ENST00000349014 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 PCDH11X-207ENST00000406881 4156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 LINC01239-202ENST00000436786 2347 ntTSL 2 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 DTNA-208ENST00000554864 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ADGRL2-205ENST00000370717 5873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SLC38A2-209ENST00000551374 2802 ntTSL 2 BASIC4.73□□□□□ -1.65
USP4Q13107 POSTN-210ENST00000541481 3113 ntTSL 1 (best) BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 CLCA1-201ENST00000234701 3310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 CCNYL2-202ENST00000637719 3311 ntTSL 2 BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC079160.1-202ENST00000508406 2795 ntTSL 5 BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 KMO-204ENST00000366559 5261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MUC7-202ENST00000413702 2540 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 PRUNE2-208ENST00000443509 12356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MIR448-201ENST00000362131 111 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 SNORD50B-201ENST00000364995 70 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU6-211P-201ENST00000384047 107 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 PPIAP31-201ENST00000405422 495 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RPL23AP48-201ENST00000406913 488 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RN7SKP61-201ENST00000410642 295 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC078809.1-201ENST00000427601 140 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AP000705.1-201ENST00000454567 350 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 HMGB3P3-201ENST00000510526 400 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU6-191P-201ENST00000516295 94 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RNU6-966P-201ENST00000516479 104 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC095350.2-201ENST00000544034 201 ntTSL 5 BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MIR3145-201ENST00000580727 82 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AL451007.1-201ENST00000595491 289 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC011944.2-201ENST00000624440 683 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 AC112200.1-201ENST00000625015 234 ntBASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 VIPR1-AS1-223ENST00000627073 451 ntTSL 5 BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 EFCAB3-202ENST00000450662 1694 ntTSL 5 BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 PIGN-245ENST00000640252 7924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 LINC01376-202ENST00000424895 1949 ntTSL 2 BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 MT-ND5-201ENST00000361567 1812 ntAPPRIS P1 BASIC4.72□□□□□ -1.65
USP4Q13107 TARID-205ENST00000607033 2960 ntTSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.65
USP4Q13107 RPS6KA5-207ENST00000614987 26795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.65
USP4Q13107 ZZZ3-202ENST00000370801 4328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU4-80P-201ENST00000363200 141 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 RNU6-1130P-201ENST00000365434 107 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 SNORD116-18-201ENST00000383961 92 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 Y_RNA.498-201ENST00000384460 102 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AL357139.1-201ENST00000407792 426 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC090952.1-201ENST00000424242 446 ntTSL 3 BASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC112220.1-201ENST00000434628 355 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
USP4Q13107 AC244670.1-201ENST00000436879 112 ntBASIC4.71□□□□□ -1.66
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