Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC19.58■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
TDP1Q9NUW8 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
TDP1Q9NUW8 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
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