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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC017037.3-201 | ENST00000625016 | 472 nt | BASIC | 2.8 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC025048.6-202 | ENST00000627667 | 438 nt | BASIC | 2.8 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | NOC3L-201 | ENST00000371361 | 3455 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.8 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL359854.1-201 | ENST00000614203 | 1594 nt | BASIC | 2.79 | □□□□□ -1.96 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL355493.4-201 | ENST00000618530 | 292 nt | BASIC | 2.79 | □□□□□ -1.96 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | ASNSP3-201 | ENST00000451989 | 1306 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | WWP1-201 | ENST00000265428 | 3362 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL645937.4-201 | ENST00000419702 | 389 nt | TSL 2 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC108935.1-201 | ENST00000504874 | 518 nt | TSL 2 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC034234.1-202 | ENST00000508696 | 339 nt | TSL 3 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC093297.1-201 | ENST00000511712 | 591 nt | TSL 4 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC063919.1-201 | ENST00000514281 | 254 nt | TSL 3 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNA5SP112-201 | ENST00000515937 | 99 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | CD44-AS1-201 | ENST00000528869 | 587 nt | TSL 4 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | HOMER1-205 | ENST00000535690 | 642 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL512310.1-201 | ENST00000548639 | 172 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC007598.1-202 | ENST00000561528 | 435 nt | TSL 3 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC011477.3-201 | ENST00000585571 | 403 nt | TSL 5 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC015871.2-201 | ENST00000603605 | 948 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SNORD14A-201 | ENST00000606526 | 91 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | SOX2OT_exon1.1-201 | ENST00000614902 | 232 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC091304.6-201 | ENST00000619761 | 202 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL356266.1-201 | ENST00000623311 | 483 nt | BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | LRRC6-212 | ENST00000618342 | 1754 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 2.78 | □□□□□ -1.96 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | TSGA10-205 | ENST00000410001 | 3036 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | CHD9-202 | ENST00000398510 | 11337 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | ZNF334-205 | ENST00000615481 | 3706 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | OR2J3-203 | ENST00000641960 | 3342 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | DENND4A-202 | ENST00000443035 | 8665 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL139276.1-201 | ENST00000311910 | 1001 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNY4P24-201 | ENST00000362735 | 96 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | RNA5SP68-201 | ENST00000363885 | 119 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | MIR592-201 | ENST00000384959 | 97 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AF274854.1-201 | ENST00000413236 | 615 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL158840.1-201 | ENST00000414132 | 523 nt | TSL 3 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AC005005.2-201 | ENST00000420779 | 380 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
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| CHCHD4 | Q8N4Q1 | PTGES3P4-201 | ENST00000426243 | 356 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | TOMM20P4-201 | ENST00000427861 | 435 nt | BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |
| CHCHD4 | Q8N4Q1 | AL139237.2-201 | ENST00000438454 | 493 nt | TSL 3 BASIC | 2.77 | □□□□□ -1.97 | | |