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| NAE1 | Q13564 | AL590002.1-201 | ENST00000406554 | 418 nt | BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU2-33P-201 | ENST00000410344 | 192 nt | BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL365356.1-201 | ENST00000411512 | 736 nt | TSL 3 BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
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| NAE1 | Q13564 | UBE2Q2P6-201 | ENST00000612666 | 153 nt | BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | AP001486.3-201 | ENST00000615334 | 372 nt | BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | SMAD5-AS1_2.1-201 | ENST00000617906 | 131 nt | BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | ZFYVE16-202 | ENST00000505560 | 6599 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | PLCZ1-209 | ENST00000539875 | 1398 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | Z83843.1-201 | ENST00000604070 | 3685 nt | BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | CUL1P1-201 | ENST00000509510 | 2425 nt | BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | OR6C1-202 | ENST00000642104 | 2055 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.2 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | FBXO11-201 | ENST00000402508 | 3844 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | GPR183-201 | ENST00000376414 | 1700 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | KNTC1-205 | ENST00000450485 | 3655 nt | TSL 2 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | UBE2L2-201 | ENST00000254302 | 429 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6-1167P-201 | ENST00000363227 | 94 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.381-201 | ENST00000365666 | 102 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
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| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.481-201 | ENST00000384373 | 102 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | MIR325-201 | ENST00000385260 | 98 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
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| NAE1 | Q13564 | LINC02526-201 | ENST00000424162 | 419 nt | TSL 2 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
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| NAE1 | Q13564 | AC006512.1-201 | ENST00000468816 | 291 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | KC877373.1-201 | ENST00000479066 | 408 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC02101-201 | ENST00000505861 | 725 nt | TSL 4 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU4ATAC15P-201 | ENST00000516415 | 126 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.689-201 | ENST00000516589 | 107 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNA5SP291-201 | ENST00000517222 | 105 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | AF117829.1-204 | ENST00000519854 | 284 nt | TSL 3 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC022690.1-201 | ENST00000526681 | 550 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC007368.1-201 | ENST00000536422 | 974 nt | TSL 5 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC02350-201 | ENST00000544419 | 480 nt | TSL 3 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | STARD13-AS-221 | ENST00000608197 | 604 nt | TSL 5 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC130324.3-201 | ENST00000614165 | 542 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC090517.2-201 | ENST00000614966 | 680 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC027309.3-201 | ENST00000623419 | 351 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC02246-205 | ENST00000627623 | 417 nt | TSL 5 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | VPS8-228 | ENST00000628962 | 207 nt | TSL 5 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC01090-203 | ENST00000632331 | 466 nt | TSL 5 BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | U6.105-201 | ENST00000637379 | 88 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | API5P2-201 | ENST00000397055 | 1498 nt | BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | CADM2-AS1-201 | ENST00000476021 | 2656 nt | TSL 1 (best) BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |
| NAE1 | Q13564 | HSFY2-201 | ENST00000304790 | 1444 nt | APPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC | 3.19 | □□□□□ -1.9 | | |