Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRERF1Q96PN7 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.4 ms