Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
BRCA1P38398 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.9 ms