Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 C2orf73-203ENST00000405749 576 ntTSL 4 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL513331.1-201ENST00000411908 397 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 LHFPL3-AS1-203ENST00000417290 950 ntTSL 1 (best) BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL354863.1-202ENST00000431695 494 ntTSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL160271.1-201ENST00000444708 829 ntTSL 3 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC087588.1-201ENST00000462203 316 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AP000797.2-201ENST00000475768 606 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RPL37-204ENST00000508493 553 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 OR51K1P-201ENST00000510214 950 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC113167.1-201ENST00000512941 570 ntTSL 4 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU5B-3P-201ENST00000516601 115 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 PIGY-201ENST00000527353 217 ntAPPRIS P1 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SMILR-201ENST00000533992 553 ntTSL 4 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL157871.3-201ENST00000557231 293 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 UBL5-207ENST00000590068 390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC008738.1-201ENST00000590117 375 ntTSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC009314.1-201ENST00000603871 304 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 FAM25E-202ENST00000608562 189 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SSX9-202ENST00000608568 580 ntTSL 4 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL591926.8-201ENST00000616876 211 ntBASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 CCDC169-204ENST00000379864 5944 ntTSL 1 (best) BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 ADGRL2-206ENST00000370721 5023 ntTSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 PLEKHG7-201ENST00000344636 3868 ntTSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC092821.1-204ENST00000518709 3552 ntTSL 5 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 CAPS2-206ENST00000409799 1859 ntTSL 1 (best) BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 LINC00504-201ENST00000505089 4672 ntTSL 2 BASIC5.41□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNF13-202ENST00000361785 1939 ntTSL 2 BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 WDR5B-201ENST00000330689 3720 ntAPPRIS P1 BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RLIMP1-201ENST00000339626 1680 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 TJP1-209ENST00000545208 5007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 PANK1-203ENST00000342512 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 TMEM71-201ENST00000356838 1993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 INTS6P1-201ENST00000504674 2530 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 DOCK9-207ENST00000442173 7643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC100778.3-201ENST00000580060 1750 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 LRIT3-201ENST00000327908 3781 ntTSL 2 BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MIR335-201ENST00000362173 94 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.33-201ENST00000362591 102 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.54-201ENST00000362766 105 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU6-774P-201ENST00000363238 107 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.297-201ENST00000364950 91 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU6-827P-201ENST00000365553 106 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 UBBP2-201ENST00000376781 231 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.458-201ENST00000384240 102 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 TRAJ35-201ENST00000390502 59 ntAPPRIS P1 BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNA5SP36-201ENST00000410197 133 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC073333.1-201ENST00000418907 648 ntTSL 3 BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 LINC00894-203ENST00000432696 298 ntTSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL392103.1-201ENST00000447000 198 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 U8.21-201ENST00000459536 136 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC008957.1-201ENST00000510740 478 ntTSL 3 BASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC074250.1-201ENST00000511117 192 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SNORD116-26-201ENST00000516006 96 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 DEFB108E-201ENST00000524692 240 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL121603.1-201ENST00000553815 142 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC004852.3-201ENST00000614131 326 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL353748.2-201ENST00000622148 471 ntBASIC5.4□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SRSF11-201ENST00000370949 3034 ntTSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SNX10-202ENST00000396376 2491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL136537.2-201ENST00000562049 2471 ntTSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RGS17-202ENST00000367225 7773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ACADSB-201ENST00000358776 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC000123.3-201ENST00000624029 4975 ntBASIC5.4□□□□□ -1.55
USP4Q13107 CKAP5-202ENST00000354558 6428 ntTSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.55
USP4Q13107 ATRX-202ENST00000395603 10218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.4□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC009812.4-201ENST00000569134 1805 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 NPSR1-AS1-202ENST00000419766 4821 ntTSL 1 (best) BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 OR6B1-202ENST00000641698 5153 ntAPPRIS P1 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 BCLAF1-201ENST00000353331 7110 ntTSL 5 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 PSD3-201ENST00000286485 6665 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 Y_RNA.274-201ENST00000364714 101 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNU6-395P-201ENST00000365662 106 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 APOA2-201ENST00000367990 474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 TRAV26-2-201ENST00000390460 327 ntAPPRIS P1 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL603910.2-201ENST00000407268 136 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SDAD1P3-201ENST00000427380 333 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC087650.1-201ENST00000431445 468 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC093414.1-201ENST00000434712 514 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL080313.1-201ENST00000434947 405 ntTSL 2 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC006466.1-201ENST00000438721 289 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RNA5SP103-201ENST00000459503 118 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MED28P2-201ENST00000475771 317 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MORC1-AS1-201ENST00000480826 564 ntTSL 2 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC083982.1-201ENST00000485679 344 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC006427.1-201ENST00000514359 712 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC100871.2-201ENST00000522005 327 ntTSL 3 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 SNHG1-219ENST00000542112 780 ntTSL 3 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC007458.1-201ENST00000542812 373 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL161713.1-201ENST00000555538 145 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC131274.1-201ENST00000582507 254 ntTSL 3 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MIR4691-201ENST00000583764 85 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC107294.1-201ENST00000609524 467 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MIR6748-201ENST00000610433 71 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 MIR8076-201ENST00000611401 83 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC100827.5-201ENST00000615883 426 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AC091953.3-201ENST00000623220 236 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 LINC01232-201ENST00000625254 836 ntTSL 5 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 NCBP1-205ENST00000629069 249 ntTSL 5 BASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 AL450472.1-202ENST00000637286 180 ntBASIC5.39□□□□□ -1.55
USP4Q13107 RAG2-201ENST00000311485 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.39□□□□□ -1.55
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