Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL4A3Q01955 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
COL4A3Q01955 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
COL4A3Q01955 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
COL4A3Q01955 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
COL4A3Q01955 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
COL4A3Q01955 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
COL4A3Q01955 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
COL4A3Q01955 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
COL4A3Q01955 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
COL4A3Q01955 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms