Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
BRCA1P38398 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.6 ms