Protein–RNA interactions for Protein: Q01822

Hoxd1, Homeobox protein Hox-D1, mousemouse

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd1Q01822 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
Hoxd1Q01822 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Ccsap-202ENSMUST00000122421 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Hoxd1Q01822 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.3■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Wnt2-201ENSMUST00000010941 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Hoxd1Q01822 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Hoxd1Q01822 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Hoxd1Q01822 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Hoxd1Q01822 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Hoxd1Q01822 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
Hoxd1Q01822 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Hoxd1Q01822 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 94 ms