Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 LIPI-203ENST00000536861 1529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ARPP19-208ENST00000566423 5362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-1249P-201ENST00000363237 111 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU1-43P-201ENST00000365052 165 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-33P-201ENST00000384793 107 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 IGLV7-43-201ENST00000390298 385 ntAPPRIS P1 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 TRAJ38-201ENST00000390499 62 ntAPPRIS P1 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-325P-201ENST00000411132 105 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL590135.1-201ENST00000422215 156 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MORF4L2-205ENST00000423833 717 ntTSL 5 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 UBE2D3P2-201ENST00000424409 445 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC093655.2-201ENST00000425735 631 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPS17P8-201ENST00000434525 335 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPS11P7-201ENST00000442125 465 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 CASP1-203ENST00000446369 948 ntTSL 1 (best) BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC008154.1-201ENST00000453087 327 ntTSL 3 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AZGP1P2-201ENST00000454506 345 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC113155.1-201ENST00000511141 769 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 HHIP-AS1-203ENST00000512359 646 ntTSL 3 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-111P-201ENST00000517179 105 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC090568.2-205ENST00000518631 576 ntTSL 4 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC126323.6-201ENST00000561701 451 ntTSL 3 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AP001021.1-201ENST00000577704 244 ntTSL 3 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR3976-201ENST00000606807 139 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC130454.1-201ENST00000622948 401 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC074101.1-201ENST00000637861 241 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MTUS1-202ENST00000297488 3731 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 NHSL2-204ENST00000631375 12593 ntTSL 5 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 N4BP2L2-IT2-201ENST00000629393 4890 ntBASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 EYA1-203ENST00000388740 3788 ntTSL 5 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZNF33A-201ENST00000307441 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 OR10G7-202ENST00000641585 3449 ntAPPRIS P1 BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ZEB1-202ENST00000361642 5990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.6□□□□□ -1.51
USP4Q13107 TMEM68-218ENST00000617782 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AP002518.1-201ENST00000534904 3837 ntTSL 1 (best) BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC004817.4-201ENST00000602396 3625 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 PCDH15-215ENST00000409834 5401 ntTSL 5 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC005183.1-201ENST00000603687 1979 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SLCO1C1-209ENST00000545604 2557 ntTSL 2 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC139769.1-204ENST00000472297 1931 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RNU6-200P-201ENST00000364743 107 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 Y_RNA.478-201ENST00000384358 107 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 TRAV21-201ENST00000390449 343 ntAPPRIS P1 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RN7SKP125-201ENST00000410481 302 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL132765.1-201ENST00000434165 553 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MACC1-AS1-201ENST00000439285 639 ntTSL 3 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC090804.1-201ENST00000448870 490 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AL603839.1-201ENST00000453437 432 ntTSL 2 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 BX546450.1-201ENST00000454307 482 ntTSL 2 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPS18P6-201ENST00000476880 458 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AP003733.2-201ENST00000529409 171 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AP004607.2-201ENST00000533949 322 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC126177.3-201ENST00000551839 688 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC138360.1-201ENST00000552332 386 ntTSL 3 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR548AC-201ENST00000585049 88 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC012433.1-201ENST00000588916 398 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 RPS29P30-201ENST00000600975 111 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 IGLCOR22-2-201ENST00000605398 313 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 AC024940.4-201ENST00000605507 246 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 TEX41-280ENST00000629185 591 ntTSL 5 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 MIR4275-201ENST00000636486 87 ntBASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 LCLAT1-203ENST00000379509 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 SOX5-216ENST00000546136 6975 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.59□□□□□ -1.51
USP4Q13107 ERVFRD-3-201ENST00000578561 1617 ntBASIC5.59□□□□□ -1.52
USP4Q13107 HELLS-204ENST00000371332 2675 ntTSL 5 BASIC5.59□□□□□ -1.52
USP4Q13107 APAF1-205ENST00000547045 3744 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.59□□□□□ -1.52
USP4Q13107 DYTN-201ENST00000452335 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.59□□□□□ -1.52
USP4Q13107 KDM3B-209ENST00000542866 3634 ntTSL 2 BASIC5.59□□□□□ -1.52
USP4Q13107 DYNC1I2-201ENST00000340296 2589 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.59□□□□□ -1.52
USP4Q13107 FOXP2-226ENST00000635638 2598 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.59□□□□□ -1.52
USP4Q13107 DCTN4-201ENST00000424236 4054 ntTSL 2 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 EIF3M-208ENST00000531120 5051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SYCP1-209ENST00000613524 3034 ntTSL 1 (best) BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SCN1A-209ENST00000635750 8299 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OR4E1-202ENST00000641792 3742 ntAPPRIS P5 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LRRC63-203ENST00000595396 2327 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 OBSCN-205ENST00000422127 24060 ntTSL 5 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6-712P-201ENST00000410558 100 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RNU6-607P-201ENST00000411283 108 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RPL7AP73-201ENST00000413490 353 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC063979.1-201ENST00000415539 377 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC139712.2-201ENST00000424302 339 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LINC00969-211ENST00000438608 525 ntTSL 5 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RPL12P3-201ENST00000440080 396 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL121871.1-201ENST00000443413 436 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 TPT1P13-201ENST00000449760 499 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC018742.1-202ENST00000457901 504 ntTSL 3 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC007686.1-201ENST00000488511 463 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SNRPCP2-201ENST00000504370 475 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RPS4XP20-201ENST00000505751 772 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RN7SKP234-201ENST00000517173 224 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 RN7SKP92-201ENST00000517266 244 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SDHAF2-203ENST00000534878 523 ntTSL 2 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 NDUFB1-204ENST00000555441 458 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 EGLN3-AS1-201ENST00000555922 308 ntTSL 3 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 LRRC37A5P-203ENST00000580181 585 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AL109935.2-201ENST00000587737 395 ntTSL 5 BASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AC006116.3-201ENST00000592968 361 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 AP000769.2-201ENST00000602344 396 ntBASIC5.58□□□□□ -1.52
USP4Q13107 SMIM2-AS1-204ENST00000619472 746 ntTSL 3 BASIC5.58□□□□□ -1.52
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