Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ZNF26-201ENST00000328654 17601 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.69□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC092650.1-201ENST00000447571 1808 ntTSL 1 (best) BASIC5.69□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 FGD4-213ENST00000546442 3503 ntTSL 5 BASIC5.69□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 SLCO1C1-208ENST00000545102 2868 ntTSL 2 BASIC5.69□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 SSR1-202ENST00000397511 3248 ntTSL 5 BASIC5.69□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 BX664718.1-201ENST00000439824 3224 ntTSL 2 BASIC5.69□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 PPP1R9A-201ENST00000289495 3983 ntTSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL121839.2-201ENST00000565058 6943 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ALB-201ENST00000295897 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 C2orf73-202ENST00000398634 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ANO6-205ENST00000441606 5955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ZNF568-216ENST00000619231 3797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RPL26-201ENST00000293842 524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 SNORD3E-201ENST00000362899 217 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 Y_RNA.222-201ENST00000364264 102 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 LZIC-201ENST00000377213 945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 Y_RNA.555-201ENST00000384673 110 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 MIR137-201ENST00000385223 102 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 SNORA75.6-201ENST00000391318 127 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL445529.1-201ENST00000398713 389 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 EIF5P1-201ENST00000400019 1231 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 MTCO3P19-201ENST00000415864 321 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL139095.3-201ENST00000419672 1203 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 PIGPP3-201ENST00000425307 415 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL022396.1-201ENST00000427011 386 ntTSL 3 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL035551.1-201ENST00000446931 348 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 CREM-238ENST00000488741 651 ntTSL 2 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC023424.1-201ENST00000496058 459 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RNU6-1023P-201ENST00000516137 106 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RN7SKP21-201ENST00000516503 220 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC136777.1-201ENST00000517765 369 ntTSL 4 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC131281.1-201ENST00000522984 164 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AP001992.1-201ENST00000533875 723 ntTSL 5 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC068993.1-201ENST00000546724 589 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC018552.3-201ENST00000567416 561 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL122017.1-202ENST00000570612 319 ntTSL 5 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 MIR4703-201ENST00000577728 79 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 MIR4675-201ENST00000577898 77 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 C18orf54-203ENST00000578138 776 ntTSL 3 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC090772.1-201ENST00000583782 507 ntTSL 5 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RNASEH2B-AS1-202ENST00000593369 648 ntTSL 5 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 PPP3CB-AS1-206ENST00000595935 675 ntTSL 5 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC008687.2-201ENST00000597865 520 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL022097.1-201ENST00000602500 806 ntTSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC092447.9-201ENST00000603395 144 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL355297.3-201ENST00000604082 446 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL008729.2-201ENST00000606393 473 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL021879.1-201ENST00000611756 288 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL355365.1-201ENST00000616480 294 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 CCL14-203ENST00000620991 426 ntTSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC244517.1-201ENST00000606030 2086 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ERBIN-208ENST00000506030 4386 ntTSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 OR2AT4-205ENST00000641931 8357 ntAPPRIS P1 BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RAPGEF2-201ENST00000264431 6949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RALGAPA1P1-201ENST00000443361 6232 ntBASIC5.68□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 SPAM1-201ENST00000223028 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ZNF510-201ENST00000223428 5154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ACE2-202ENST00000427411 3507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC004982.1-201ENST00000608770 1655 ntTSL 4 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RNU6-490P-201ENST00000362985 107 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 Y_RNA.210-201ENST00000364161 110 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 Y_RNA.291-201ENST00000364886 113 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 Y_RNA.477-201ENST00000384352 108 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 MIR558-201ENST00000384920 94 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RNU6-328P-201ENST00000390887 106 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL080315.1-201ENST00000406055 466 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 PDSS1P1-201ENST00000422953 1114 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC073069.1-201ENST00000428657 441 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 CEP57L1P1-201ENST00000430943 1201 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RPS15AP10-201ENST00000432472 382 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 TDGF1P1-201ENST00000445734 527 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 MGC32805-203ENST00000506053 652 ntTSL 3 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC016598.2-201ENST00000514942 525 ntTSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC068880.2-201ENST00000521016 362 ntTSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 SPTY2D1-AS1-203ENST00000542172 331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RPL21P12-201ENST00000559810 515 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ATP5J2P6-201ENST00000565203 266 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AL353997.4-201ENST00000586196 166 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 BPIFA4P-203ENST00000603168 689 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC010201.1-201ENST00000605051 540 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC009229.3-201ENST00000608056 282 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC114781.5-201ENST00000615297 108 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 AC091903.1-201ENST00000624322 454 ntBASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 C6orf10-210ENST00000617061 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 CLUL1-213ENST00000620089 1947 ntTSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 PTPRD-202ENST00000356435 9472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ELAVL2-202ENST00000380110 3691 ntTSL 5 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 OR1A1-202ENST00000641322 3743 ntAPPRIS P1 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 CNTRL-205ENST00000373850 5824 ntTSL 2 BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 OTC-201ENST00000039007 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.67□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 SPAM1-203ENST00000402183 1860 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC5.66□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 SMCO3-201ENST00000316048 2104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 HIF1AN-201ENST00000299163 13011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 PCDH9-201ENST00000377861 28227 ntTSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ATRX-201ENST00000373344 11220 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 ARHGAP21-218ENST00000636789 4210 ntTSL 2 BASIC5.66□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RNU1-115P-201ENST00000365329 160 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 UBBP2-201ENST00000376781 231 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 Y_RNA.461-201ENST00000384263 103 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
TRIM28Q13263 RNU2-38P-201ENST00000410856 79 ntBASIC5.66□□□□□ -1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 115 ms