Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 Y_RNA.715-201ENST00000517082 110 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 IGLV3-24-201ENST00000517477 197 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 SNHG1-218ENST00000541615 748 ntTSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AP002383.3-201ENST00000545958 593 ntTSL 4 BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC005702.2-201ENST00000591035 481 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ZNF616-202ENST00000596290 568 ntTSL 4 BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC004805.2-201ENST00000605382 482 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC007619.2-201ENST00000605743 379 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC002044.1-201ENST00000606707 158 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 DLX6-AS1_2.1-201ENST00000613701 207 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC025574.2-201ENST00000615621 514 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 GOLT1B-210ENST00000631252 223 ntTSL 3 BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC104260.2-201ENST00000623551 3497 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 TRDN-206ENST00000628709 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 CTAGE5-208ENST00000553352 3441 ntTSL 1 (best) BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 C4BPAP1-201ENST00000415474 1893 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC093775.1-201ENST00000624154 1868 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 PTPN12-206ENST00000435495 2526 ntTSL 2 BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 PLCB1-211ENST00000617005 6458 ntTSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC133552.1-201ENST00000569988 4007 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 GVINP1-202ENST00000531871 7271 ntBASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 FBXO3-208ENST00000530401 7410 ntTSL 2 BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL158064.2-203ENST00000639897 2003 ntTSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RPGRIP1L-212ENST00000621565 6038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RABL3-201ENST00000273375 3883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC010615.1-201ENST00000594254 1764 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL138820.1-201ENST00000617901 5305 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC233263.6-201ENST00000631132 1963 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ZNF568-216ENST00000619231 3797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ETV1-207ENST00000405358 4181 ntTSL 5 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ASAH2-204ENST00000447815 2311 ntTSL 1 (best) BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AP001029.2-203ENST00000589795 4910 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 FIGN-201ENST00000333129 9536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ATP1B4-201ENST00000218008 3868 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 PPEF1-202ENST00000361511 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 OR5AS1-201ENST00000313555 975 ntAPPRIS P1 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 Y_RNA.126-201ENST00000363382 111 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 Y_RNA.350-201ENST00000365409 98 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 TMLHE-202ENST00000369439 1248 ntTSL 1 (best) BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 Y_RNA.461-201ENST00000384263 103 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNU6-45P-201ENST00000384471 107 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 MIR517A-201ENST00000385001 87 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNA5SP91-201ENST00000390902 119 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNU4-34P-201ENST00000410431 124 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNU2-64P-201ENST00000411315 191 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL391219.1-201ENST00000422570 483 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 UBE2V1P4-201ENST00000425374 344 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL590999.1-206ENST00000437947 436 ntTSL 3 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL392089.1-202ENST00000444793 449 ntTSL 2 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 PPIAP21-201ENST00000464473 501 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RPL7P23-201ENST00000493874 747 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC095059.1-201ENST00000502570 349 ntTSL 5 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 LEF1-218ENST00000512172 598 ntTSL 2 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC010255.3-204ENST00000514637 454 ntTSL 2 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RN7SKP60-201ENST00000516985 239 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC109446.1-201ENST00000566172 220 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 NANOGP3-201ENST00000605855 286 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL512329.2-201ENST00000607350 548 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 DAOA-212ENST00000640578 378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC079776.5-201ENST00000641920 211 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC048341.2-201ENST00000550290 8693 ntTSL 4 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 ATXN3L-201ENST00000380622 2164 ntAPPRIS P1 BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 PTBP3-207ENST00000458258 7995 ntTSL 1 (best) BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RGS21-201ENST00000417209 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL731566.1-201ENST00000620490 1937 ntBASIC5.8□□□□□ -1.48
USP4Q13107 EPB41L2-226ENST00000530757 4360 ntTSL 2 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RASSF6-204ENST00000395777 2735 ntTSL 1 (best) BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 LINC00550-201ENST00000629293 3434 ntTSL 1 (best) BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 PROM1-220ENST00000540805 3908 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 PPEF1-201ENST00000349874 2687 ntTSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 SNORA58B-201ENST00000364259 136 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC092111.3-201ENST00000402465 496 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNU6ATAC18P-201ENST00000408413 101 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 MIR1302-6-201ENST00000408466 90 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 LINC00428-201ENST00000415620 227 ntTSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RPL12P34-201ENST00000424532 479 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL449043.1-202ENST00000427318 582 ntTSL 1 (best) BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC018359.1-201ENST00000442567 574 ntTSL 4 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL161629.1-201ENST00000446201 457 ntTSL 3 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 SNORD127-201ENST00000458892 86 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 GSTM1-206ENST00000483399 512 ntTSL 3 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 HAX1-208ENST00000483970 1151 ntTSL 2 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RN7SL30P-201ENST00000488416 306 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 APOA2-210ENST00000491350 263 ntTSL 1 (best) BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC023424.1-201ENST00000496058 459 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 HIGD1AP3-201ENST00000515857 278 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 RNU6-677P-201ENST00000516914 101 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 SKP1-203ENST00000517625 876 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 CDH12P4-201ENST00000517835 295 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 CDH12P3-201ENST00000517935 295 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 CDH12P1-201ENST00000518435 295 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 IGHV3-76-201ENST00000522465 295 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC103855.3-201ENST00000528445 606 ntTSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC007375.1-201ENST00000554513 578 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AL122017.1-202ENST00000570612 319 ntTSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC090617.5-201ENST00000571815 528 ntTSL 3 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC010761.5-201ENST00000579468 287 ntTSL 3 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 LINC00649-204ENST00000593977 640 ntTSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AP001172.2-201ENST00000602454 467 ntTSL 5 BASIC5.79□□□□□ -1.48
USP4Q13107 AC141273.2-201ENST00000618989 130 ntBASIC5.79□□□□□ -1.48
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