Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 GKN1-201ENST00000377938 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 SNORA5.1-201ENST00000384275 131 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RNU6-306P-201ENST00000384617 107 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC073257.2-201ENST00000413991 528 ntTSL 3 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 Z99755.1-201ENST00000414048 380 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 OR6E1P-201ENST00000414424 923 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RPS15AP40-201ENST00000419621 391 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RPL21P109-201ENST00000422213 475 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 MTND2P29-201ENST00000438595 412 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC083899.1-201ENST00000454465 3819 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 HMGB3P30-201ENST00000457863 606 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 OARD1-209ENST00000471367 401 ntTSL 2 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC117503.1-201ENST00000472241 394 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC068633.1-202ENST00000476460 458 ntTSL 2 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC122710.1-201ENST00000510622 553 ntTSL 5 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 TOMM22P4-201ENST00000511318 336 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 LINC02014-201ENST00000514010 713 ntTSL 3 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RNA5SP384-201ENST00000516615 116 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 IL7-206ENST00000520269 456 ntTSL 3 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC008680.1-201ENST00000523398 283 ntTSL 3 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AP002768.1-201ENST00000526741 320 ntTSL 3 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC009652.2-201ENST00000527978 516 ntTSL 5 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AL049779.3-201ENST00000557141 606 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC051619.2-201ENST00000559063 397 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC018554.1-202ENST00000565133 444 ntTSL 3 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC087500.2-201ENST00000575056 498 ntTSL 5 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC005856.1-201ENST00000585921 286 ntTSL 3 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 OR7E18P-201ENST00000592589 702 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC007566.2-201ENST00000603642 413 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC079610.3-201ENST00000606960 147 ntTSL 3 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AL160286.3-201ENST00000569644 3294 ntTSL 2 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC010329.2-201ENST00000595195 2737 ntBASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 ZFYVE16-206ENST00000510158 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 TEX11-201ENST00000344304 2977 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 DNM3OS-201ENST00000417354 4358 ntTSL 4 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 TBCK-205ENST00000432496 3362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RFX3-212ENST00000617270 9253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.98□□□□□ -1.45
USP4Q13107 SRRM1P3-201ENST00000426911 2678 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 CNKSR2-202ENST00000379510 5315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 SYNJ2BP-201ENST00000256366 7015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 NLRP11-201ENST00000589093 3417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 LINC02401-201ENST00000550185 3059 ntTSL 1 (best) BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 OR2AT4-203ENST00000641541 8795 ntAPPRIS P1 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RN7SKP162-201ENST00000363605 345 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RNU6-434P-201ENST00000384376 107 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RNU6-95P-201ENST00000384697 107 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RNU6-823P-201ENST00000391042 103 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RNU6ATAC23P-201ENST00000408448 123 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC064875.1-202ENST00000421112 561 ntTSL 4 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 MYCBP2-AS1-201ENST00000422231 519 ntTSL 3 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 USMG5P1-201ENST00000425964 177 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 RPL23AP50-201ENST00000434149 455 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 MRPS18BP2-201ENST00000434310 759 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AP000943.1-201ENST00000438416 712 ntTSL 3 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC073325.1-201ENST00000443714 542 ntTSL 4 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC239809.1-201ENST00000450470 217 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 NDUFAF4P3-201ENST00000456468 525 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC004129.2-201ENST00000457229 287 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 TRBV5-2-201ENST00000489095 273 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 FXN-205ENST00000498653 856 ntTSL 1 (best) BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC010350.1-201ENST00000504908 231 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 LINC01846-201ENST00000505908 651 ntTSL 5 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 MIR2117-201ENST00000516780 80 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC090692.1-202ENST00000525363 607 ntTSL 4 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 STX3-204ENST00000530221 534 ntTSL 5 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 FBXO3-AS1-202ENST00000533046 386 ntTSL 3 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC113208.4-201ENST00000563568 206 ntTSL 3 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 GAPLINC-202ENST00000579007 643 ntTSL 3 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 LINC02343-201ENST00000605909 573 ntTSL 4 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 SNHG22-203ENST00000617833 660 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 AC138965.3-201ENST00000623875 498 ntBASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 PROX1-AS1-244ENST00000630355 599 ntTSL 5 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 CHST9-203ENST00000618847 11388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 PAK3-205ENST00000417227 2196 ntTSL 1 (best) BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 CLSPN-202ENST00000318121 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 LZTFL1-215ENST00000536047 4342 ntTSL 2 BASIC5.97□□□□□ -1.45
USP4Q13107 ZNF93-201ENST00000343769 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.96□□□□□ -1.45
USP4Q13107 PIGN-247ENST00000640540 4720 ntTSL 5 BASIC5.96□□□□□ -1.45
USP4Q13107 LAMTOR3-202ENST00000499666 4226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.96□□□□□ -1.45
USP4Q13107 LINC01963-201ENST00000562038 3148 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 ZNF160-203ENST00000429604 4336 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 ABCA10-201ENST00000269081 6362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNA5SP453-201ENST00000362503 119 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU6-715P-201ENST00000365204 103 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RHOT1P2-201ENST00000366423 333 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 MIR1178-201ENST00000408396 91 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RN7SKP17-201ENST00000411242 351 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AP001476.3-201ENST00000429512 415 ntTSL 3 BASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 USP9YP30-201ENST00000430729 455 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC074011.1-201ENST00000431376 581 ntTSL 4 BASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC073410.1-201ENST00000435125 589 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 LINC01549-201ENST00000440664 714 ntTSL 3 BASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 MTCO3P45-201ENST00000443036 613 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 CYCSP24-201ENST00000445119 316 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC098484.1-201ENST00000447572 484 ntTSL 3 BASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RN7SL570P-201ENST00000484405 292 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RPL22P13-201ENST00000493291 347 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 MDM4-213ENST00000507825 481 ntTSL 1 (best) BASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU2-69P-201ENST00000516061 100 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
USP4Q13107 RNU6-1143P-201ENST00000516125 104 ntBASIC5.96□□□□□ -1.46
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