Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CTCFP49711 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CTCFP49711 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
CTCFP49711 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CTCFP49711 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CTCFP49711 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CTCFP49711 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms