Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMARCA1P28370 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms