Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC9Q9Y3X0 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC9Q9Y3X0 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 124.6 ms