Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CTCFP49711 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CTCFP49711 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CTCFP49711 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CTCFP49711 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CTCFP49711 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CTCFP49711 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CTCFP49711 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CTCFP49711 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CTCFP49711 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CTCFP49711 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CTCFP49711 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms