Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
BRCA1P38398 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
BRCA1P38398 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms