Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SHANK3Q9BYB0 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SHANK3Q9BYB0 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms