Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SKA3Q8IX90 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SKA3Q8IX90 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms