Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
SMARCA1P28370 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCA1P28370 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms