Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
MSX1P28360 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
MSX1P28360 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
MSX1P28360 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
MSX1P28360 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC17.71■□□□□ 0.42
MSX1P28360 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
MSX1P28360 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
MSX1P28360 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms