Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC87Q9NVE4 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC87Q9NVE4 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms