Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
CUX1P39880 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CUX1P39880 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC32.67■■■□□ 2.82
CUX1P39880 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CUX1P39880 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
CUX1P39880 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CUX1P39880 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CUX1P39880 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CUX1P39880 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC32.64■■■□□ 2.82
CUX1P39880 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC32.64■■■□□ 2.82
CUX1P39880 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CUX1P39880 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CUX1P39880 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC32.64■■■□□ 2.82
CUX1P39880 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.81
CUX1P39880 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
CUX1P39880 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CUX1P39880 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
CUX1P39880 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC32.6■■■□□ 2.81
CUX1P39880 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms