Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
COL18A1P39060 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL18A1P39060 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms