Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A1P12109 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
COL6A1P12109 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.4 ms