Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
KLHL28Q9NXS3 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms