Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
Rnf40Q3U319 Ildr2-203ENSMUST00000192638 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Gm20634-201ENSMUST00000090779 2956 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Rnf40Q3U319 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Sox1-201ENSMUST00000180353 4832 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Rnf40Q3U319 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Gm12184-201ENSMUST00000104959 1310 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Rnf40Q3U319 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Rnf40Q3U319 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 100.7 ms