Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Gm16437-201ENSMUST00000025669 507 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Gm15918-201ENSMUST00000137259 689 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
Col6a1Q04857 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Tbr1-202ENSMUST00000102737 1406 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Srarp-201ENSMUST00000094544 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Col6a1Q04857 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Crlf2-201ENSMUST00000044579 1323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Col6a1Q04857 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Col6a1Q04857 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC26■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Col6a1Q04857 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
Col6a1Q04857 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Col6a1Q04857 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 82.3 ms