Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
Col18a1P39061 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC33.22■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC33.22■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
Col18a1P39061 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC33.19■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
Col18a1P39061 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
Col18a1P39061 Ndufs3-201ENSMUST00000005647 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
Col18a1P39061 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Col18a1P39061 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Col18a1P39061 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Col18a1P39061 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
Col18a1P39061 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC33.03■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC33.01■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
Col18a1P39061 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.01■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC33.01■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC33■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC32.97■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC32.96■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC32.95■■■□□ 2.87
Col18a1P39061 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
Col18a1P39061 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
Col18a1P39061 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC32.94■■■□□ 2.86
Col18a1P39061 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.94■■■□□ 2.86
Col18a1P39061 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
Col18a1P39061 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Col18a1P39061 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Col18a1P39061 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
Col18a1P39061 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC32.9■■■□□ 2.86
Col18a1P39061 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC32.86■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.86■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC32.83■■■□□ 2.85
Col18a1P39061 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC32.81■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC32.81■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC32.76■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC32.76■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
Col18a1P39061 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 9.8 ms