Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHMP3Q9Y3E7 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHMP3Q9Y3E7 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46 ms