Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms