Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC3Q9BQI4 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms