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| FOXE3 | Q13461 | RNU6-1334P-201 | ENST00000516032 | 105 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MTCO3P15-201 | ENST00000526563 | 574 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC087783.1-201 | ENST00000527135 | 564 nt | TSL 4 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AP005639.2-201 | ENST00000527592 | 928 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AP002833.2-201 | ENST00000531585 | 462 nt | TSL 3 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | LINC01491-202 | ENST00000558792 | 439 nt | TSL 3 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC084757.2-201 | ENST00000559165 | 540 nt | TSL 2 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC026462.4-202 | ENST00000564331 | 532 nt | TSL 3 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC134312.6-201 | ENST00000568587 | 444 nt | TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC079171.1-201 | ENST00000568788 | 914 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
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| FOXE3 | Q13461 | AC129507.1-204 | ENST00000573601 | 503 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC008894.1-201 | ENST00000587693 | 367 nt | TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
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| FOXE3 | Q13461 | C8orf59P2-201 | ENST00000603441 | 271 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | PROX1-AS1-219 | ENST00000610094 | 791 nt | TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL592148.2-201 | ENST00000612210 | 372 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC090517.2-201 | ENST00000614966 | 680 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC063943.3-201 | ENST00000615562 | 356 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL607023.1-201 | ENST00000620045 | 248 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL356321.1-201 | ENST00000621360 | 228 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | OSER1-AS1-205 | ENST00000623343 | 827 nt | TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC099654.5-201 | ENST00000636479 | 350 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | NANOGNB-202 | ENST00000640040 | 824 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.54 | | |
| FOXE3 | Q13461 | CACNB4-245 | ENST00000637284 | 2423 nt | TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | POLR1A-201 | ENST00000263857 | 12749 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC104837.1-201 | ENST00000444644 | 1587 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ENKUR-201 | ENST00000331161 | 3382 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | PRLR-203 | ENST00000348262 | 1339 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AXDND1-214 | ENST00000617277 | 3405 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | LMO3-225 | ENST00000541295 | 3498 nt | TSL 2 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC110597.1-201 | ENST00000562669 | 3176 nt | BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MCTP2-208 | ENST00000557742 | 1957 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | FAM26D-201 | ENST00000368596 | 1353 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | NCOA6-202 | ENST00000374796 | 9311 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | DAZ3-202 | ENST00000382365 | 3503 nt | APPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MDM4-203 | ENST00000367182 | 10073 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | IL5RA-201 | ENST00000256452 | 2001 nt | APPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | DNAJC16-202 | ENST00000375847 | 6069 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ZNF160-202 | ENST00000418871 | 4219 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SRGAP3-213 | ENST00000618999 | 3929 nt | TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MCM10-201 | ENST00000378694 | 4587 nt | TSL 5 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ZNF254-206 | ENST00000611359 | 3982 nt | TSL 3 BASIC | 5.4 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | LINC00700-201 | ENST00000413603 | 2097 nt | TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MAGT1-204 | ENST00000610432 | 4019 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | GPR171-201 | ENST00000309180 | 1786 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | CATSPER2-202 | ENST00000381761 | 1758 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | OR12D2-207 | ENST00000642051 | 1496 nt | APPRIS P1 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | OR5B12-202 | ENST00000641921 | 1807 nt | APPRIS P1 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | CPB2-AS1-202 | ENST00000606243 | 2185 nt | TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC126755.2-201 | ENST00000545114 | 1522 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ZNF542P-202 | ENST00000467807 | 3209 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | CCDC80-201 | ENST00000206423 | 12430 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SEMA3A-204 | ENST00000436949 | 2550 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | PHC3-203 | ENST00000467570 | 2595 nt | TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | BUB1-202 | ENST00000409311 | 3287 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SPATA6-202 | ENST00000371843 | 2297 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL354696.2-201 | ENST00000619407 | 1910 nt | TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | MED1-201 | ENST00000300651 | 5844 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | XPO1-202 | ENST00000404992 | 4105 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNF4-214 | ENST00000511600 | 4123 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SMAD5-211 | ENST00000545279 | 7012 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | GRIP1-202 | ENST00000398016 | 4888 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | DNHD1-212 | ENST00000527990 | 14298 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | GABRB2-201 | ENST00000274547 | 7409 nt | TSL 5 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | CDON-201 | ENST00000263577 | 4186 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ATP6V0E1-201 | ENST00000265093 | 773 nt | TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | SCG5-201 | ENST00000300175 | 1238 nt | APPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ZNF600-201 | ENST00000338230 | 3829 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RNU4-76P-201 | ENST00000364509 | 141 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RN7SKP47-201 | ENST00000365347 | 328 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | FABP3-201 | ENST00000373713 | 725 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | XGY1-201 | ENST00000381172 | 446 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RFPL3S-202 | ENST00000382086 | 455 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
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| FOXE3 | Q13461 | RN7SKP91-201 | ENST00000410852 | 288 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
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| FOXE3 | Q13461 | AL135785.1-201 | ENST00000422554 | 399 nt | TSL 3 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC004160.1-205 | ENST00000428967 | 577 nt | TSL 4 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | OR1M1-201 | ENST00000429566 | 1035 nt | APPRIS P1 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC005189.1-201 | ENST00000431286 | 310 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
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| FOXE3 | Q13461 | LINC01359-202 | ENST00000436350 | 710 nt | TSL 3 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | LIX1L-AS1-205 | ENST00000437797 | 536 nt | TSL 3 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC005487.1-201 | ENST00000440208 | 665 nt | TSL 5 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL357793.2-201 | ENST00000447056 | 850 nt | TSL 3 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | ST13P20-201 | ENST00000447996 | 1065 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
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| FOXE3 | Q13461 | AL445238.1-201 | ENST00000450029 | 712 nt | TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC099566.1-212 | ENST00000451675 | 799 nt | TSL 3 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC016722.1-201 | ENST00000453936 | 652 nt | TSL 5 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AL034349.1-201 | ENST00000458367 | 549 nt | TSL 5 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RN7SL834P-201 | ENST00000461450 | 286 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC135721.2-201 | ENST00000464237 | 300 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RPS7P10-201 | ENST00000464254 | 603 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | RPL35AP19-201 | ENST00000469425 | 329 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | TSACC-207 | ENST00000470342 | 601 nt | TSL 2 BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |
| FOXE3 | Q13461 | AC011979.1-201 | ENST00000472300 | 483 nt | BASIC | 5.39 | □□□□□ -1.55 | | |